Samtlige fort og batterier hadde meldt klar til strid ca. kl 0145 den 9. april. Litt over kl. 0200 kom meldingen om at Lerøy fort hadde åpnet ild. Meldinger fra Store Kongshaug og Lyderhorn om fartøyenes posisjon kom inn. De første fartøyene som rundet pynten ved Stangen lykt kl 0350 var to mindre lasteskip. Kort etter kom krigsskipene frem. Sikten var ikke god. Lyskasteren på Håpsøy hadde vanskeligheter med å finne målene. De to lastefartøyene ga også problemer, kunne det være norske eller nøytrale skip ? Noen minutter går, fartsmåling blir forsøkt.

Fortet hadde kort tid til rådighet for å bekjempe fartøyene. Kl. 0358 ga kommandanten ildordre. Artillerisjefen hadde fordelt skip nr. 1 til 21 cm batteriet og skip nr 2 til 24 cm batteriet. Kl 0359 smalt det første skudd fra 21 cm batteriet. Rett etter åpnet også haubitserbatteriet ild. Lysforholdene var vanskelige, i dagbrekningen var effekten av lyskasteren dårlig i det disige været. Det kom stadig meldinger fra betjeningene ved orografene og fra retterne på skytset at de ikke så målet. Til å begynne med besvarte ikke fartøyene ilden, men morset flere ganger "Stop shooting".

21 cm batteriet fikk raskt inn to treff i den forreste krysser ("Königsberg"). Den første granaten gikk inn midtskips på styrbord side, men detonerte ikke. Etter det andre treff (ved forre mast), besvarte fartøyene ilden. Denne granaten meide med seg et par luftvernkanoner. En tredje granat detonerte inne i skipet nær forre mast, og ga store ødeleggelser ombord. Kort tid etter måtte motorene stanses og fartøyet ankres opp, men ødeleggelsene hadde også gått ut over ankerspillet. I siste liten kom ankeret ut, det kom bort i et annet skip som lå tilankers.

24 cm batteriet fikk klikk på haubits nr. 2, men de andre haubitsene fikk treff i akterenden av sitt mål. Etter noen skudd fra batteriene var fartøyene kommet inn i batteriets dødsone. Da tok man de etterfølgende fartøyene under ild. Kort etter begynte flyangrepene.

Batteriene fikk vanskeligheter. Ved 21 cm batteriet falt telefonsambandet til kanon 1 ut, avstanden måtte taes over ordretelefonen. De Banges tetteanordning tålte ikke flere skudd etter hverandre med stridsladning, den ble presset utover og mekanismen lot seg ikke åpne på vanligvis. Ved kanon 2 slo en granat ned ca. 20 meter foran kanonen og kastet steiner og splinter inn i løpet slik at en granat ble kilt fast ved ansettingen og kanonen gjort ubrukelig. Kl 0456 meldte man at alle tre kanonene i 21 cm batteriet var i ustand. I haubitserbatteriet var nr. 2 ute av drift på grunn av den nevnte klikken. 21 cm batteriet avga i alt 24 skudd, hvorav kanon 1 skjøt 12, kanon 2 skjøt 7 og kanon 3 skjøt 4 skudd. Kanon 3 hadde problemer med siktemidlene, og fikk derfor ikke skutt flere skudd. Haubitserbatteriet skjøt 10 skudd, fordelt 4-1-5 på de enkelte haubitsere.

Ved 5 tiden om morgenen kom meldingen om fiendtlig landgang flere steder. Den farligste var i Hesteviken, her gikk hovedvegen til fortet. Det ble også landsatt styrker på Kvarvenpynten og i Skålevik. Kommandanten beordret fortet i nærforsvar. Batteribesetningene gikk i stilling i Kvarvenbakken, på høyde med vakten og sykestuen. Alle kom i stilling mens fienden organiserte seg i Hesteviken. Her ble noen norske soldater tatt til fange. En av dem, R. Waage (38 år) var på kaien. Han kom ikke unna og ble tatt til fange. Etter kort tid va 11 norske soldater og håndverksformann S. J. Hjetland fanger. De ble samlet på kaien. Tyskerne landsatte ca. 160 mann fra fire fartøyer.

En offiser, som syntes å være påvirket av et narkotisk stoff, virket helt overnervøs der han brølte i veg og viftet med pistolen. Soldat Waage ble tvunget av tyskerne til å være veiviser, med pistolen i siden måtte han gå forrest. Straks tyskerne satte seg i bevegelse fikk de ild mot seg, to mann bak Waage falt. Fienden måtte trekke seg tilbake med tap. Kanonskjoldene som sto på kaien brukte man til dekning, men ble en dødsfelle. Den norske kryssilden feide inn i skjoldene, rikosjerte rundt i dem og drepte flere tyskere samt håndverksformann Hjetland. Også en gast, H. T. E. Thorvaldsen, tilhørte Marinens flystasjon på Flatøy, ble drept av kryssilden. Soldat Waage fikk sår av en rikosjett i skulderen. Noen tyskere hadde klart å komme seg opp fra kaiområdet. Da de norske mitraljøsene ikke hadde flere skudd igjen, fikk fienden ildoverlegenhet og nordmennene måtte vike. Styrken fra Kvarvepynten forente seg snart med styrken som angrep fra Hestviken. Den avdelingen som var landsatt i Skålevik gikk mot LV-batteriet og falt deretter Kvarven fort i ryggen. Situasjonen fremsto etter hver håpløs. En tysk soldat stakk hodet inn i underoffisermessen der kommandanten sto i samtale med sjef IR 10, oberst Østby om forsterkninger. Fortet måtte overgis, og festningen kapitulerte. Ordren om dette nådde ikke Hellen fort, sambandet var ødelagt av tyske bomber, men luftvernbatteriene fikk ordren.

Norge fikk ikke flere falne på Kvarven enn de to i Hestviken. Av sårede var det 10-12 mann, soldat A. L . Olseth så alvorlig at han døde av skadene 8. mai 1945.

Kompaniet fra Ulven kom frem for sent, og stoppet etter ild fra fly ved Nygård kirkegård. Her gikk kompaniet i stilling inntil det overga seg ved første kontakt med fiendens bakkestyrker. Admiralen forlot Marineholmen kl. 04:30 for å opprette si  kommando på Nesttun. Oberst Willoch fikk ikke melding om dette. Marineholmen ble besatt uten motstand litt etter kl. 06:00. Det samme gjaldt Bergenhus og DKV-stabskvarteret. DK-sjef med stab og sjef SFD 2 med stab dro om morgenen 9. april med samme ekstratog fra Nesttun til Voss.

Litt før kl 04:00 fikk 21 cm batteriet på Hellen ordre om å beskyte et fartøy i retning Knarrvik. Hverken orografoperatøren eller retterne på kanonene så målet i kikkertene. Fortssjefen så fartøyet glimtvis i sin prismekikkert. Etter en tid hadde det lysnet og målet kunne sees i kanonenes kikkerter, men orografoperatøren så fortsatt ikke fartøyenes vannlinje. Ca kl. 04:40 åpnet derfor fortssjefen ild på bedømt avstand. Kanon 1 klikket 3 ganger og gikk ut, men etter en tid var den klar igjen. Av de skudd som man avfyrte fra de andre kanonene var det observert to treff. Da Kvarven hadde sluttet å skyte ca. kl 05:00 ble fortssjefen på Hellen i villrede om situasjonen og ringte artillerisjefen for å få vite årsaken. Det ble opplyst at batteribesetningene hadde gått i nærforsvar i Kvarvenbakken. Fortssjefen tok kontakt med sambandssentralen ved SFD 2 for å få vite om han skulle fortsette å skyte. Han fikk opplyst at Marineholmen var kringsatt og Bergen inntatt, men ildgivningen skulle fortsette. 21 cm batteriet på Hellen åpnet ild kl 06:06 mot krysseren "Köln" utenfor Laksevåg, avstand ca 4600 meter. Det skulle skytes inn med kanon 1. Skuddet gikk, men rekylbremsen ble ødelagt og kanonen var ubrukelig. Ilden fortsatte med de andre kanonene, og etter to skudd var batteriet innskutt. Fortet hadde allerede hatt flyangrep, ved ildåpningen ble angrepene intensivert. 6 fly angrep på en gang med bomber og mitraljøseild. Kanon 2 meldte at mekanismen var vanskelig å åpne/lukke. Nye bomber og ild fra mitraljøser ødela batterisambandet. En bombe traff brakken som huset telefonsentralen og ødela den. All samband med omverden var brutt. En skuddbyge fra en mitraljøse drepte sersjant H. O. Tjelflaat. De norske mitraljøsene skjøt på flyene, men måtte her - som andre steder - konstantere at virkningen var dårlig. Flyangrepene var harde og fortsjefen beordret alle i dekning i en tunnel ved kanon 1. Kommet til tunnelen fikk fortssjefen høre at en bombe hadde truffet kanon 3, og at de fleste antagelig var drept.

Kanonkommandør på kanon 3 var fenrik S. Dalene. Kanonen hadde 9 april mangelfull betjening p.g.a. sykdom og en mann permittert. Som telefonmenn måtte to kokker (ikke stridende) brukes. Bruk av kanonen ble hemmet av flyangrepene. Etter ildåpning kl 06:06 mot  "Köln", ble fortet beskutt fra krysseren, men granatene gikk i fjellet under fortet. Under skytingen var kanoen stilt på tvers av standplassens lengderetning. Skudd fra flyenes mitraljøser smalt i betongen rundt kanoen. Høyderetter ble truffet og kunne ikke fortsette arbeidet. Kanonkommandøren overtok, og ba soldaten gå og få førstehjelp. Han var kommet til trappen fra øvre til nedre standplass da en bombe detonerte midt i nedre standplass, ca 6 meter bak og 2 meter lavere enn kanoen. Hele ammunisjonsgruppen og den sårede høyderetteren, i alt fem mann, ble drept momentant. De øvrige var mer og mindre såret, en alvorlig.

Fortssjefen tok med seg en soldat (Hanchen) til kanon 3 for å se om noe kunne gjøres. De fant en soldat som det var liv i (M. Mikkelsen), han hadde fått knust høyre albu og mistet mye blod. Mikkelsen ble foreløpig forbundet og tatt med til tunnelen. Det var liv i noen flere. Fenrik Dalene var blitt slengt inn i kanonskjoldet av lufttrykket og lå bevisstløs der. Sersjant A. F. Bødker (NK i mitraljøsetroppen) hadde vært inne i kanonens håndmagasin for å hente mer ammunisjon til en av mitraljøsene. Håndmagasinet hadde jernluker foran åpningene mot nedre standplass. Ved bombetreffet ble sersjanten kastet mot betongveggen og mistet bevisstheten. Jernlukene hadde stanset splintene, Bødker hadde kun slagskader, bl.a et sår i bakhodet. Etter en tid kom fenrik Dalene til bevissthet,. Han kunne ikke se, men etter å ha fått bort blodet med hånden, så han ganske brukbart på det høyre øyet. Det luktet brent krutt, han fant det best å komme vekk. Han gikk bort fra kanonen, men var fortsatt i ørske. Sersjant Bødker, som også hadde kommet til seg selv, var litt bedre faren. Han fikk se fenriken "løp" i ville med ansiktet dekket av blod. Sersjanten fikk tak i ham og ved et nytt flyangrep fikk de kastet seg ned i en stikkrenne mens kulene pisket opp bakken rundt dem. Begge kom fra det uten nye skader. Fenrik Dalene ble lagt inn på Betanien sykehus samme dag, men etter 2-3 dager dro han mot legens råd til Voss for igjen å melde seg til tjeneste. Det samme gjorde også sersjant Bødker.

Under kampene om morgenen så man et fartøy som seilte nordover fjorden og svingte inn mot Eidsvågneset. Fartøyet førte tropper som skulle innta Lv-batteriet på Øyjord og Hellen fort. Fra Eidsvågnestet opererte en tysk student som veiviser for styrkene mot Øyjordbatteriet. En annen avdeling skulle settes i land for å ta Sandviksbatteriet, som tyskerne trodde var oppsatt. Under gange mot landingsstedet ble ildgivingen fra Hellen observert. Tyskerne trodde dette var Sandviksbatteriet. Styrken ble satt i land lengre vest enn bestemt og rykket derfra mot Hellen.

Øyjorbatteriet, som hadde fått ordre om ildopphører, overga man. Den tyske styrken fortsatte mot Hellen. Her hadde fortsjefen satt opp en transport  mot Bergen med sårede, kjørt av sersjant Løberg. I Helleveien ble han stanset av tyskerne. Sersjanten klarte å komme seg unna, tilbake på fortet og rapporterte til fortssjefen. Da han så seg om, observerte han tyskerne på høydene i nord og øst for fortet. Med en styrke under fremrykking mot fortet i Helleveien var fortet helt omringet, og fortssjefen overga fortet kl 07:35, ca halvannen time etter at Kvarven ga seg. På Hellen fort ble en sersjant (Tjelflaat) og fem menige drept. De falne soldatene tilhørte kanon 3. Disse var : H. Isdahl, H. A. Lundekvam, O. B. Monsen, U. Nistad og L. B. Olsen. En fenrik, en sersjant, en korporal og 6 menige ble såret, to av dem alvorlig. Fenriken, korporalen og fire av de menige kom fra kanoen 3.

Etter tyske og norske kilder var de tyske tap under angrepet på Bergen følgende :

"Bremse" (artilleriskoleskip) fikk et treff av en 21 eller 24 cm granat som gikk tvers gjennom forskipet uten å detonere. Fartøyet trakk seg ut av kampen. Antall drepte og sårede ombord ikke kjent.

"Königsberg" (lett krysser) fikk tre treff av 21 cm granater, ett som havnet på dørken i maskinrommet uten å detonere. De andre to treffene ga så store skader at fartøyet ikke var sjødyktig. Antall sårede og drepte ombord ikke kjent. Alle treffene kom fra 21 cm batteriet på Kvarven. Fartøyet ble senket av britiske fly dagen etter.

"Karl Peters" (moderskip for S-båtene) fikk et treff i formasten, men granaten detonerte ikke. Fartøyet gikk deretter innunder land og ble liggende inntil kampene var over før den gikk inn til Bergen. Antagelig ingen drepte eller sårede ombord. Sannsynligvis truffet av 24 cm. haubitserbatteriet på Kvarven.

"Köln" (lett krysser) fikk antagelig to treff med mindre skadeomfang. Antall drepte og sårede ombord ikke kjent. Begge treffene fra 21 cm batteriet på Hellen.

To S-båter skadet og ute av drift en tid. Muligens oppstått ved passering av Lerøy fort.

To av de tre Lv-batteriene ble overgitt til tyskerne. Lv-batteriet på Sletta, under fenrik Welle-Strand avmarsjerte og sluttet seg til de norske styrkene på Voss.

Fra Kvarven ble de norske soldatene marsjert til Marineholmen hvor de ble internert ombord i "Nordstjernen" og "Mørejarl".

Fra Hellen fort kom fortsbesetningen via Bergenhus til fartøyene. Også personell fra Marinen og Hæren fikk internering ombord.

Den 16 april ble krigsfangene overført til Bergenske Dampskips Selskaps fartøyer "Jupiter" og "Leda" som man ankret opp i Eidsvågsbukten nord for Bergen. Hjemsendelse av krigsfangene begynte med de menige den 14. mai, de siste som ble hjemsendt var yrkesoffiserene, de dro 12. juni 1940.

Fro forskjellige hold, bl.a fra MUK 46, er det etter krigen rettet kritikk mot kommandanten på Bergen festning i 1940. Det er imidlertid et faktum, at den eneste militære enhet som tilføyde fienden tap ved angrepet på Bergen 9. april 1940 var Bergen festning og avdelinger som var under Bergen festnings operative kontroll. Miner lagt av M/L "tyr" ga tap hos fienden de nærmeste dagene etter angrepet.